全長16S / 18S三代測序
?產(chǎn)品介紹
在已知基因組的大小難度，或者有調(diào)研圖結(jié)果的情況下，基于三代測序PacBio技術(shù)手段，進行基因組組裝和基本分析，獲得高質(zhì)量基因組序列。為該物種的后基因組學研究奠定基礎(chǔ)。
簡單基因組：CONTIG N50≥2MB，復雜基因組：contig N50≥1Mb
一步到位檢測環(huán)境微生物多樣性
16S/18S 等全長擴增子測序即通過提取環(huán)境樣品的 DNA，選擇合適的通用引物擴增 16S/18S 的全長區(qū)域。
全長16S測序：細菌群落結(jié)構(gòu)多樣性。
全長18S測序：真核微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性。
?分析內(nèi)容
標準信息分析
①下機數(shù)據(jù)過濾；
②基因組組裝；
③全基因組精細注釋：編碼基因預測；重復序列注釋和轉(zhuǎn)座元件分類；Non-coding RNA注釋；假基因注釋；
④基因功能注釋：Nr庫注釋；KEGG代謝通路注釋；COG注釋（Gene Ontology）；TrEMBL注釋；調(diào)控Motif預測；
高級信息分析
①基因家族聚類，特有、共有基因和基因家族統(tǒng)計；
②基因家族擴張收縮分析；
③系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建；
④物種分化時間推算（需要化石標定）；
⑤LTR形成時間估算；
⑥全基因組復制事件（一般為植物基因組的分析項）；
⑦選擇壓力分析。
?服務流程
?產(chǎn)品優(yōu)勢
長度長，周期短，性價比高
采用 PacBio 平臺，長度長，一次可分析多個高變區(qū)信息，不僅能提高物種鑒定的分辨率，還能提高物種鑒定的精確度。更加真實的還原樣本中微生物的群落結(jié)構(gòu)。
公司還擁有二代測序儀，三代測序儀（RS II 和sequel），光學圖譜Irys，Hi-C組裝技術(shù)等。
擁有自主研發(fā)的領(lǐng)先的基因組測序和分析技術(shù)。
?信息分析
基于測序得到的序列，進行 OUT 聚類和物種注釋分析，獲得物種的豐度分布。全面分析樣本內(nèi)物種的豐富度及組間的差異。
標準分析 | 解決問題 |
物種注釋 | 物種注釋及各物種豐度信息 |
α-多樣性分析 | 微生物群落的豐富度和多樣性 |
β-多樣性分析 | 不同樣本間的微生物群落 |
多元統(tǒng)計分析 | 尋找組間具有顯著差異的物種，同時可以比較組內(nèi)差異和組間差異的大小，判斷分組是否有意義 |
CCA分析 | 研究物種組成與環(huán)境因子間的關(guān)系 |
環(huán)境因子關(guān)聯(lián)分析 | |
VPA分析 |
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