? ?服務熱線:
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全長16S / 18S二代測序
?產品介紹
基于二代測序技術手段，進行基因組組裝和基本分析，獲得高質量基因組序列。為該物種的后基因組學研究奠定基礎。
簡單基因組：
CONTIG N50≥200KB，復雜基因組（小于2G）：contig N50≥100Kb。
簡單基因組6個月，復雜基因組視根據具體情況而定。
?分析內容
標準信息分析
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?①下機數據過濾；
②基因組組裝；
③全基因組精細注釋：編碼基因預測；重復序列注釋和轉座元件分類；Non-coding RNA注釋；假基因注釋；
④基因功能注釋：Nr庫注釋；KEGG代謝通路注釋；
COG注釋（Gene Ontology）；TrEMBL注釋；調控Motif預測。
?高級信息分析
①基因家族聚類，特有、共有基因和基因家族統計；
②基因家族擴張收縮分析；
③系統發育樹的構建；
④物種分化時間推算（需要化石標定）；
⑤LTR形成時間估算；
⑥全基因組復制事件（一般為植物基因組的分析項）；
⑦選擇壓力分析。
全長16S / 18S三代測序
?產品介紹
在已知基因組的大小難度，或者有調研圖結果的情況下，基于三代測序PacBio技術手段，進行基因組組裝和基本分析，獲得高質量基因組序列。為該物種的后基因組學研究奠定基礎。
簡單基因組：CONTIG N50≥2MB，復雜基因組：contig N50≥1Mb
一步到位檢測環境微生物多樣性
16S/18S 等全長擴增子測序即通過提取環境樣品的 DNA，選擇合適的通用引物擴增 16S/18S 的全長區域。
全長16S測序：細菌群落結構多樣性。
全長18S測序：真核微生物群落結構多樣性。
?分析內容
標準信息分析
①下機數據過濾；
②基因組組裝；
③全基因組精細注釋：編碼基因預測；重復序列注釋和轉座元件分類；Non-coding RNA注釋；假基因注釋；
④基因功能注釋：Nr庫注釋；KEGG代謝通路注釋；COG注釋（Gene Ontology）；TrEMBL注釋；調控Motif預測；
高級信息分析
①基因家族聚類，特有、共有基因和基因家族統計；
②基因家族擴張收縮分析；
③系統發育樹的構建；
④物種分化時間推算（需要化石標定）；
⑤LTR形成時間估算；
⑥全基因組復制事件（一般為植物基因組的分析項）；
⑦選擇壓力分析。
?服務流程
?產品優勢
長度長，周期短，性價比高
采用 PacBio 平臺，長度長，一次可分析多個高變區信息，不僅能提高物種鑒定的分辨率，還能提高物種鑒定的精確度。更加真實的還原樣本中微生物的群落結構。
公司還擁有二代測序儀，三代測序儀（RS II 和sequel），光學圖譜Irys，Hi-C組裝技術等。
擁有自主研發的領先的基因組測序和分析技術。
?信息分析
基于測序得到的序列，進行 OUT 聚類和物種注釋分析，獲得物種的豐度分布。全面分析樣本內物種的豐富度及組間的差異。
標準分析 | 解決問題 |
物種注釋 | 物種注釋及各物種豐度信息 |
α-多樣性分析 | 微生物群落的豐富度和多樣性 |
β-多樣性分析 | 不同樣本間的微生物群落 |
多元統計分析 | 尋找組間具有顯著差異的物種，同時可以比較組內差異和組間差異的大小，判斷分組是否有意義 |
CCA分析 | 研究物種組成與環境因子間的關系 |
環境因子關聯分析 | |
VPA分析 |
宏基因測序
宏基因組學（Metagenomics），又稱元基因組學，是以特定生境中的整個微生物群落作為研究對象，無需分離培養，直接提取環境樣本DNA進行測序，研究環境微生物的群落結構、物種分類、系統進化、基因功能及代謝網絡等，已廣泛應用于微生物領域。
?適用范圍
1. 環境領域：霧霾處理、污水治理、石油降解、酸性礦水處理及海洋環境等；
2. 生物能源：特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的開發；
3. 醫學領域：代謝病、腫瘤癌癥等；
4. 農業領域：根際微生物與植物互作、農業耕作/施肥處理與土壤微生物群落等；
5. 畜牧領域：腸道、瘤胃（如產甲烷菌類群）與動物健康/營養消化研究等；
6. 特殊極端環境：極端環境條件下的微生物類群研究。
?實驗流程?
?樣品要求：
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送樣要求 | 環境樣本：土壤：3g；糞便：200mg ；污泥/沉積物：3 g；血液：2 mL；液體：25mL。 |
平臺選擇 | Illumina PE100/125/150 |
推薦測序量 | 腸道/糞便 >6G；水體6-8G；土壤/污泥 > 8G |
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?生信分析：
